Das Gebiet der Gemeinde erstreckt sich über 34,67 km² und grenzt an die Gemeinden Rive d'Arcano, Majano, Ragogna, Forgaria nel Friuli, Dignano, Osoppo und Pinzano.

San Daniele liegt auf einer Anhöhe, das Zentrum der Stadt liegt 252m ü.M.. Diese Anhöhe heißt Colle Massimo, befindet sich unmittelbar hinter dem Tertiärberg von Ragogna und bildet die östliche Grenze des Moränenkessels, der nördlich von Udine aus Quatäreisgletschern entstanden ist.

Der Gemeindebezirk besteht aus: Gemeindesitz (Altstadt, Borgo Pozzo, Borgo Sacco, Borgo Sopracastello, Chiamanis, Borgo Sottoagaro, Picaron, Borgo Nuovo, Zulins, Bronzacco, Soprapaludo), Ortsteil Villanova, Ortsteil Cimano und Lokalität Aonedis.
Das Rathaus, Gemeindesitz, liegt mitten in der Altstadt von San Daniele.